Afstammingen
Start Omhoog Algemeen Lijst met Herps planten Lijst met WALZ planten Nieuwigheden Fanclub Afstammingen Naamgeving Foto's Veredelingsdoelen

 

Afstammingen / stambomen

De stambomen van elke WALZ/Herps cultivar afzonderlijk staan in detail in de CD-rom uitgegeven door de fanclub. Van elke plant zijn drie generaties voorouders gegeven (ouders, grootouders en overgrootouders).

Vaak is echter een ander soort overzicht nodig. Van een bepaalde groep cultivars wil ik graag een ge´ntegreerde stamboom hebben, dat wil zeggen dat gemeenschappelijke ouders eenmalig in de stamboom voorkomen, nakomelingen erin opgenomen worden en alle relaties onderling worden weergegeven.

bullet

Meestal moeten de individugegevens handmatig ingevoerd worden. Het is vrijwel nooit mogelijk om rechtstreeks vanuit een Ascii-bestand - bijvoorbeeld verkregen uit een relationele database - de stamboom of een specifiek deel ervan grafisch weer te geven.

bullet

Aan de individuen in de stamboom kan vaak geen onbeperkt aantal attributen meegegeven worden, die naar keuze in de grafische weergave meegenomen worden.

bullet

Vrijwel alle programmatuur is geschreven voor stambomen van de mens of voor dieren. Dat betekent dat een individu ofwel mannelijk, ofwel vrouwelijk is. De invoer vereist meestal deze keuze. Echter, bij planten kan een individu zowel mannelijk als vrouwelijk zijn en is het bovendien mogelijk een individu met zichzelf te kruisen. In de meeste programma's is de invoer hiervan onmogelijk of geeft het een oneindige loop in het programma met bijbehorende crash.

bullet

Bij planten is de vader vaak onbekend (de vader is een ongekeurde zaailing van een veredelaar of de zaailing komt uit bes waarvan de bloem niet bewust bestoven was). In de stamboom moet dit echter wel een bestaand individu zijn, omdat van deze 'imaginaire' vader de ouders wel bekend zijn (ongekeurde zaailing) of dat er van de vader nog meer nakomelingen zijn met bijvoorbeeld andere moeders.

bullet

 Bij planten is er de mogelijkheid het individu vegetatief te vermenigvuldigen (bijvoorbeeld door stekken). Dit betekent dat een individu in principe oneindig kan leven en zich kan blijven voortplanten (generatief). Het is dus mogelijk kruisingen te doen tussen ouders die (sterk) aan elkaar verwant zijn maar waar vele generaties (tientallen?) tussen zitten.

Een bonus voor de bezoekers van mijn site !!!

Na veel zoeken heb ik twee programma's gevonden, die deze problemen aankunnen. Beide programma's hebben als invoer een Ascii-bestand nodig. Het is dus mogelijk via een relationele database (zoals bijv. MS-access), of via een spreadsheet (zoals MS-excel) of via een tekstverwerker de data up to date te houden en via een macro het ascii-bestand aan te maken dat nodig is voor het uitrekenen en tekenen van de stamboom.

Het eerste programma is Pedigree viewer. Voor particulier gebruik is het gratis te downloaden: http://metz.une.edu.au/~bkinghor/pedigree.htm.  Per invoerregel is nodig de namen van de plant zelf en beide ouders, eventueel gevolgd door een aantal kenmerken van de plant. Door de maker is op mijn verzoek het programma aangepast zodat ook een kruising van de plant met zichzelf wordt ondersteund, en het totale aantal planten wat ingevoerd kan worden oneindig groot is (in feite afhankelijk van de capaciteit van de computer). Als er professioneel gebruik gemaakt wordt van het programma verzoekt de auteur Brian Kinghor om een kleine bijdrage aan de universiteit waar hij het programma ontwikkelde. Fictieve (onbekende) ouders zijn mogelijk. Het programma berekent zelf de volledige stamboom van het ingevoerde bestand. Er is een interface om gegevensbestanden van GedCom (populaire gynaecologie programma's) in te lezen. De volgende grafische outputs zijn mogelijk (inclusief verbindingsrelaties waarbij de kleur van de relatielijn aangeeft of de relatie er een is als moeder of als vader of anderszins gerelateerd) :

bulletvolledige stamboom van alle planten aanwezig in het bestand
bulletvan een bepaalde plant de volgende outputs:
bulletalleen de ouders
bulletalle rechtstreekse nakomelingen
bulletouders en rechtstreekse nakomelingen
bulletouders en nakomelingen van de ouders en van de nakomelingen
bulletalle gerelateerde planten (tijdrovend en meestal te druk op het scherm)
bulletberekeningen zoals het inteeltpercentage

Ik heb zelf een invoerbestand opgebouwd met alle in de Cultivar lijst en Cultivar inventaris voorkomende fuchsia's (5447 planten, bijgewerkt tot en met editie 2001 van de losbladige Fuchsia cultivar lijst van de NKF). Als kenmerken heb ik opgenomen winnaar, bloemstand, groeiwijze, gevuldheid, kleur kelk, kleur kroon, relatieve afmeting bloem, ploidie-graad (aantal chromosomen). Hieronder het scherm van het inlezen en doorrekenen van al deze planten (vergt slechts enkele seconden op een moderne snelle PC):

Als voorbeeld heb ik een schermafdruk gemaakt van de plant WALZ Bruintje, met als optie 'ouders en nakomelingen van de ouders en van de nakomelingen'.

De rode lijnen geven de moeder-relatie aan, de gele lijnen de vader-relatie. Let op bijvoorbeeld de dubbele lijnen tussen WALZ Bruintje en WALZ Estafette, wat aangeeft dat WALZ Bruintje met zichzelf is gekruist. Ook is de de moeder van WALZ Meermin (Speciosa) in de stamboom aanwezig, en de andere nakomelingen van Achievement (Eden Beauty met Achievement als vader en Bert's Lowieke met Achievement als moeder). Onder de knop display staat het vakje ID aangevinkt. Daarom worden de namen van de planten zelf aangegeven. Zou daar bijvoorbeeld bloemstand worden aangevinkt, dan blijft het relatiediagram hetzelfde alleen komt er in de plaats van de namen van de planten de inhoud van het veld bloemstand (hangende bloem, opstaande bloem etc.). Ook is het mogelijk op het scherm Speciosa aan te klikken, waarna het relatiediagram voor Speciosa wordt gegeven (in plaats van dat van WALZ Bruintje), enz.

 

Het tweede programma is het pakket Graphviz. Het is gratis te downloaden: http://www.graphviz.org.  Het is een algemeen grafisch pakket wat voor zeer veel doeleinden kan worden gebruikt. In principe kan het allerlei relaties analyseren en deze op vele manieren grafisch weergeven, waarbij de gebruiker grote invloed heeft op zowel de analyse als de uiteindelijke weergave. Het wordt bijvoorbeeld gebruikt om de structuur in grote computerprogramma's met zeer vele subroutines te analyseren en in kaart te brengen, teneinde onderhoud te vergemakkelijken. Ook hier is de input een Ascii-bestand, met de namen van elke plant, moeder, vader en kenmerken. In dit programma is de layout van het resultaat grotendeels zelf vast te stellen. Er is geen subselectie mogelijk. Per te maken stamboom moet dus een apart Ascii-bestand aangemaakt worden. Onderstaand een stukje (hetzelfde voorbeeld als boven) uit de totale stamboom van al mijn cultivars.

Moeders hebben een blauwe pijl, vaders een rode. Het aantal vakjes en de inhoud van een specifiek vakje per plantblok is zelf te bepalen. In dit overzicht is als voorbeeld alleen een vakje voor de naam en een vakje voor ploidiegraad gevuld (zie F. procumbens -> 22x). Ook hier dus weer een weergave met alle onderlinge relaties en ook de mogelijkheid van een kruising met zichzelf (Achievement -> WALZ Bruintje, WALZ Bruintje -> WALZ Estafette). Bepaalde eigenschappen kunnen geaccentueerd worden. In bovenstaand voorbeeld zijn alle species gemarkeerd door groene tekst. Ook de omkadering van een blok kan gekleurd en/of vet weergegeven worden, en zijn veel verschillende vormen van blokjes mogelijk (vierkant, cirkel, ellips enzovoort in plaats van rechthoek). In een stamboom zijn ook verschillende families aan te geven, waarvan dan aparte stambomen worden getekend inclusief een verbinding tussen de twee bij gemeenschappelijke planten. Ook kunnen door de gebruiker zelf bepaalde planten voorkeursplaatsen krijgen in het uiteindelijke resultaat of kunnen bepaalde groepen planten op bepaalde niveau's geplaatst worden. Kortom zeer veel mogelijkheden, maar daardoor wel complexer: het vergt meer inspanning van de gebruiker.

Hier volgt nog een voorbeeld, waarbij een ongereduceerde gameet wordt weergegeven door een groene lijn vanaf de ouder die de gameet heeft geproduceerd en een groen vet omkaderde rechthoek de plant aangeeft die de betreffende gameet bij de bevruchting heeft ontvangen. Bovendien is een middels Colchicine-behandeling (Via chemische behandeling)  qua chromosomenaantal verdubbelde zaailing aangegeven met een blauw vet omkaderde rechthoek. Indien bekend is de relatieve hoeveelheid DNA (bepaald via flowcytometrie) aangegeven, de ploidiegraad (aantal sets chromosomen) en de samenstelling van het genoom (hoeveel sets chromosomen van elk der voorouders). Voor de liefhebber is ook de bijbehorende tekst-file gegeven. 

digraph fuchsia {
subgraph cluster0 {label="B04-27 x WALZ Floreat";RANKSEP="10.0";
style=filled;ratio=auto;center=true;color=wheat;
node [shape=record,fontsize=6,fontname="Arial",
fontstyle=bold,color=darkslateblue];
edge [color=blue];
P1 [label="{F. magdalenae |{<f1>Ploidy|<f2>44|<f3>DNA|<f4>4.27}|{<f6>Species|<f7>|<f8>MMMM}}"];
P2 [label="{F. fulgens grfl. |{<f1>Ploidy|<f2>22|<f3>DNA|<f4>2.84}|{<f6>Species|<f7>|<f8>FF}}"];
P3 [style=bold,color=green,label="{B83-5 |{<f1>Ploidy|<f2>55|<f3>DNA|<f4>5.76}|{<f6>DR|<f7>F|<f8>MMMMF}}"];
P4 [label="{F. fulgens gesneriana |{<f1>Ploidy|<f2>22|<f3>DNA|<f4>2.83}|{<f6>Species|<f7>|<f8>FF}}"];
P5 [style=bold,color=mediumblue,label="{B99-814|{<f1>Ploidy|<f2>44|<f3>DNA|<f4>5.71}|{<f6>Colch.|<f7>|<f8>FFFF}}"];
P6 [label="{B04-27 |{<f1>Ploidy|<f2>|<f3>DNA|<f4>}|{<f6>|<f7>|<f8>}}"];
P7 [label="{Normandy Bell |{<f1>Ploidy|<f2>|<f3>DNA|<f4>}|{<f6>|<f7>|<f8>}}"];
P8 [label="{WALZ Floreat |{<f1>Ploidy|<f2>|<f3>DNA|<f4>}|{<f6>|<f7>|<f8>}}"];
P9 [label="{B05-25 |{<f1>Ploidy|<f2>|<f3>DNA|<f4>}|{<f6>|<f7>|<f8>}}"];
P10 [label="{B05-76 |{<f1>Ploidy|<f2>|<f3>DNA|<f4>}|{<f6>|<f7>|<f8>}}"];
/* moeder=blauw, gewone pijl -- vader=rood, omgekeerde pijl -- DR=groen*/
P1->P3;
P1->P3 [color=green, arrowhead=none];
P2->P3 [color=red, arrowhead=inv];
P4->P5;
P4->P5 [color=red, arrowhead=inv];
P3->P6;
P5->P6 [color=red, arrowhead=inv];
P7->P8;
P7->P8 [color=red, arrowhead=inv];
P6->P9;
P8->P9 [color=red, arrowhead=inv];
P6->P10;
P8->P10 [color=red, arrowhead=inv];

}
}